El CICESE organizó el 5º Taller de Bioinformática


De los pocos cursos sistemáticos en esta área que se ofrecen en el país



Ciencias de la vida

 

La necesidad de saber cómo están funcionando los genes y cuáles son sus funciones dentro de un organismo o comunidad, ha generado una demanda creciente por mantenerse actualizado sobre las principales técnicas y programas de análisis que permiten obtener y organizar la enorme cantidad de datos procedentes de secuenciaciones masivas, los principios para su análisis, ensamblado, clasificación y cuantificación.

Por eso es importante haber organizado el 5º Taller de Bioinformática en el CICESE -que en esta edición abordó la Metatranscriptómica Ambiental-, pues se trata de una iniciativa única en el noroeste de México que ha permitido, a lo largo de cinco años, ofrecer capacitación de una manera continuada a estudiantes e investigadores en aspectos muy puntuales de las nuevas ciencias ómicas, lo que tiene cada vez mayor demanda.

A nombre del comité organizador, la doctora Asunción Lago Lestón consideró que la experiencia de emprender este taller ha sido muy buena. Se realizó el 8 y 9 de noviembre y tuvo cupo lleno. Esto es, se superaron las 20 plazas consideradas originalmente con participantes provenientes de las universidades autónomas de Baja California y del Estado de Morelos, del CIAD y del CICESE, por lo que hubo necesidad de abrir una sala alterna y establecer conectividad por videoconferencia en dos sedes más.

El taller estuvo a cargo del doctor Titus Brown, profesor asociado del Centro de Genoma de la Universidad de California en Davis, junto con Tessa Pierce y Taylor Reite, ambas del Laboratorio de Biología de Datos Intensivos de esta universidad.

De hecho, el doctor Brown participó el año pasado en el 4º Taller de Bioinformática que organizó el CICESE, en aquella ocasión bajo el tema “Análisis de metagenomas y metatranscriptomas ambientales”. Por ello, se considera que en esta ocasión se “están complementando aquellos temas que no hubo tiempo de cubrir el año pasado, primero por la cuestión de tiempo y porque nos enfocamos más a la parte de metagenómica. Hablamos un poco de metatranscriptómica, pero se vio muy someramente. Este año se han enfocado solamente en esa parte”.

Sobre la manera como México ha abordado el tema de la capacitación en estos contenidos que, por novedosos, tienen mucha demanda, la doctora Lago Lestón (quien es investigadora del Departamento de Innovación Biomédica del CICESE), señaló que han habido cursos y talleres más bien en la zona centro del país. En la región noroeste no son muy frecuentes.

Por eso destaca esta iniciativa del CICESE, en la que también participan los doctores María Clara Arteaga, Carlos Brizuela, Miguel Ángel del Río, Clara Elizabeth Galindo, Rufina Hernández y Fabiola Lafarga (todos miembros del comité organizador de estos talleres) pues, hasta donde tiene información es el único grupo académico que está organizando talleres así cada año, abordando una temática complementaria y en función de la demanda, tanto de estudiantes como de investigadores.

Las herramientas de la bioinformática que nos facultan el poder analizar los metatranscriptomas, nos permiten realizar estudios ambientales de manera exhaustiva (metatranscriptómica ambiental). Es decir: permite descubrir y describir las complejas comunidades que los microorganismos forman sin necesidad de cultivarlos, y conocer las actividades y funciones particulares de una comunidad en un entorno específico. Es una herramienta que permite dar respuesta a preguntas del tipo: ¿cómo están funcionando esos microorganismos y cuáles son sus funciones?

“Cuando hablamos de genómica hablamos de lo que es nuestro patrimonio genético, de nuestro genoma. Pero esos genes a veces funcionan y a veces no, dependiendo de la etapa en el desarrollo en que estemos, o bien de los eventos externos que nos afectan. Solo bajo determinadas condiciones unos genes se expresan (es decir, empiezan a producir proteínas) y otros se van apagando. Son las proteínas las que al final nos hacen funcionar. Lo que hicimos este año (en el taller) fue enfocarnos en esa parte más activa, en esa parte más funcional de los datos del genoma que nos proporciona el RNA. Dentro de los ácidos nucleicos, la transcriptómica está relacionada con el RNA y la genómica está relacionada con el DNA.

“Así, la metatranscriptómica es el estudio de la actividad del conjunto completo de transcriptos (RNA-seq) de muestras ambientales que nos permite conocer su función en su propio medio”, señaló.

Por la complejidad de poner en línea todas las computadoras que se usaron en el taller, conectarlas al clúster donde se encuentran instalados los programas que permiten organizar, analizar y cuantificar la expresión génica de los datos generados por secuenciación masiva paralelizada, y establecer la conectividad entre los talleristas y las videoconferencias, agradeció al personal de la Dirección de Telemática del CICESE las facilidades que otorgaron, pues al final todo salió sin ningún contratiempo.

En particular agradeció a la M.C. Sylvia Camacho “que, como todos los años, estuvo monitoreando en todo momento que el clúster estuviera operando con normalidad, facilitando de este modo nuestro trabajo durante todas las horas del taller, así como en su preparación. Asimismo quiero agradecer a Gabriela Altamirano (Innovación Biomedica) y Yamne Ortega (del laboratorio de Metagenómica) por el apoyo con la logística y organización básica del taller”.

Palabras clave: bioinformática, metatranscriptómica, ómicas, Asunción Lago

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